針對不同的養殖模式，我們需要采取不同的水質管理辦法，雖然很多基礎理論和方法是相通的，但是管理的側重點卻不盡相同，我們暫且按著是否需要人工增氧作為標準來劃分一下養殖模式：
一是不需要人工增氧、就依靠光合作用和空氣溶解作用來提供氧氣的養殖模式，比如淡水大水面增養殖模式，海水池塘灘涂養殖貝類、海蜇、海參等模式。
二是兼顧自然增氧和機械增氧的池塘、網箱、流水養殖模式。
三是以機械增氧為主要溶解氧來源的高密度工廠化養殖模式。
在這三種養殖模式中，第一種水質管理的重點是充分利用水體自身的物質循環和來自光合作用的能量供給，努力提高初級生產力，搞好各種生產力之間的平衡，合理搭配不同營養級的養殖生物，充分利用好自然資源，既充分發揮浮游植物的功能，配合有益微生物提高營養鹽的轉化效率，通過補充容易缺失的營養鹽，來保持水體穩定，提高初級生產力，進而提高次級產量。
第二種養殖模式水質管理的側重點是在保證充分利用初級生產力的基礎上，充分發揮好機械增氧的作用，提高對水體能量的輸入，在依靠投入飼料來增加產量的基礎上，處理好由于投入飼料帶來的氮源的處理壓力，充分發揮有益微生物的同化和異化能力，來確保水質污染得以凈化，通過高效的水質凈化能力，來保持水體穩定，養殖生物健康高產。
第三種養殖模式，在水質管理上由于缺乏初級生產力的參與，重點加強機械增氧能力，通過高效的排污或者充分發揮微生物的轉化能力，把高密度養殖帶來的污染物轉化分解壓力承擔下來，簡單總結起來就是低產養藻、高產養菌，分別滿足餌料、增氧、凈化的不同需求。
