在生活中水的應用非常廣泛，而現在水質的問題日趨嚴重。想要了解水質變化的具體情況，檢測水中微生物是一種比較直觀的方法，因為水污染產生的大量有機物質能培養處各種微生物。
另外生活中如果無法對水中微生物進行有效檢測，就會造成一些健康問題。尤其是一些食品行業，水中微生物的來源有很多種，其中主要來源于人或動物糞便污染的水體，從而引起可能導致腸道傳染病的傳播，造成更大的健康隱患，另外水體中微生物過多是也會造成藻類大量生長，造成水中氧氣量不足,導致魚蝦因缺氧死亡。因此要定時的對水中微生物進行檢測。
水質常規微生物指標要求：
| 微生物檢測指標 | 限值 | |
| 總大腸菌群（MPN/100mL或CFU/100mL） | 不得檢出 | |
| 耐熱大腸菌群（MPN/100mL或CFU/100mL） | 不得檢出 | |
| 大腸埃希氏菌（MPN/100mL或CFU/100mL） | 不得檢出 | |
| 菌落總數（CFU/mL） | 100 | |
| 隱孢子蟲/(個/10L) | <1 | |
檢測水中的微生物首先要進行取樣，這樣才能獲得水體的一些基礎數據，采樣的時候要提前根據檢測目的和任務指定計劃，具體的取樣方法包括采樣目的、檢驗指標、采樣時間、采樣地點、采樣方法、采樣頻率、采樣數量、采樣容器與清洗等。
采樣前應先用水樣蕩洗采集器、容器2-3次，如果是在同一個水源采集幾類檢測指標水樣時，應先采集供微生物測試的水樣，直接采集時不得用水樣刷洗已滅菌的采樣瓶，而且不得用手指和其他物品對瓶口的污染，另外采樣時不能攪動底層的沉積物。水中微生物的采樣體積一般不超過5L,水樣的保存時間及方法要符合相關要求。
目前檢測水質微生物的主要方法可分為多管發酵法和酶底物法這兩種，多管發酵法是使用相應的培養液在36攝氏度的環境中，對采集樣品進行初步發酵實驗，接著進行平板分離和復發酵實驗得到最終的結果。而酶底物法是利用微生物所產生的β2酶分解產生的物質，使培養液所呈現的顏色來確定水中是否含有相應的微生物。
其中多管發酵法的優勢在于沒有雜菌污染，微生物檢測結果相對準確，而酶底物法的優勢在于操作簡單，對于環境要求不高，檢測范圍相對較廣以及時間短等優勢。
